O acórdão do Supremo Tribunal Administrativo (“STA”) proferido no final de 2025 sobre a contribuição devida por empresas farmacêuticas ao Serviço Nacional de Saúde (“SNS”), no âmbito do acordo APIFARMA e a sua relevância em matéria de Imposto sobre o Valor Acrescentado (“IVA”) remete-nos para o essencial: o IVA deve tributar realidades económicas e não construções artificiais.

O STA veio agora reconhecer aquilo que muitas farmacêuticas sempre defenderam, mas que era negado reiteradamente pela Autoridade Tributária e Aduaneira (“AT”): os montantes suportados por estas empresas, pela via da emissão de notas de crédito, funcionam como uma redução efetiva do preço dos medicamentos que são por aquelas fornecidos ao SNS.

Da anterior jurisprudência do Tribunal de Justiça da União Europeia resultava já uma orientação clara: quando, no âmbito de um acordo celebrado entre o Estado e empresas da indústria farmacêutica, estas se comprometem a devolver parte da despesa pública com medicamentos, esse mecanismo deve ser qualificado como uma redução do preço e, consequentemente, implicar a diminuição do valor tributável, em IVA, das operações realizadas.

Neste contexto jurisprudencial, a posição assumida pela AT — ao considerar que os pagamentos efetuados ao abrigo do Acordo APIFARMA não afetam o valor tributável das transmissões de bens ao SNS — encontra-se ao arrepio do enquadramento sistemático, revelando-se incompatível com o princípio da neutralidade do IVA.

Após várias discussões sobre o tema, o STA reafirmou agora um princípio simples, mas basilar: o IVA deve incidir sobre valores efetivamente recebidos pelo fornecedor, não sobre montantes meramente faturados. Tributar o que nunca foi recebido não é neutralidade fiscal, é distorção.

Ao seguir esta interpretação, o STA dá finalmente um passo no sentido de aproximar Portugal da forma como o IVA é pensado e aplicado na Europa. A decisão afasta‑se de formalismos que acabam por não acrescentar valor e reforça a ideia de que o IVA deve refletir o consumo real.

Em rigor, este acórdão não devia trazer nada de revolucionário: apenas a aplicação, em Portugal, da interpretação da lei de acordo com a sua “ratio legis” e à semelhança da interpretação europeia: tributa-se o que se recebe, não o que se perde pelo caminho.

Para as empresas farmacêuticas, a mensagem que sai desta decisão é direta e prática. Este acórdão muda o enquadramento que tem vindo a existir e obriga a repensar o tratamento do IVA associado à contribuição, bem como a avaliar os impactos em períodos passados.